V súčasnom období má Univerzita fakulty lekársku, prírodovedeckú, právnickú, fakultu verejnej správy a filozofickú fakultu, ktoré pripravujú lekárov, odborníkov z prírodovedných disciplín, matematiky a informatiky, učiteľov, právnikov, odborníkov pre oblasť verejnej správy, filozofie, jazykov, psychológie a sociálnej práce. Absolventi tejto druhej najstaršej klasickej slovenskej univerzity majú dobrú povesť doma i v zahraničí.
- Prírodovedecká fakulta – učiteľstvo matematiky, fyziky, geografie a iných.
- Filozofická fakulta – učiteľstvo cudzích jazykov, etickej výchovy, dejepisu a ďalších humanitných predmetov.
